1、檢測(cè)方法
1.1檢測(cè)方法
使用 Qubit(廠家YEASEN, 型號(hào)CAT 12642-A ,試劑1XdsDNA HS Assay kit for Qubit )檢測(cè)核酸濃度,使用1%的瓊脂糖電泳檢測(cè)完整性
1.2判定標(biāo)準(zhǔn)
濃度≥1ng/ul
總量大于等于 30ng
目的條帶清晰可見(jiàn),且片段小于500bp
PCR產(chǎn)物狀態(tài)正常
2、建庫(kù)方法
2.1PCR產(chǎn)物純化和末修
1)PCR產(chǎn)物純化
使用Vazyme DNA Beads對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行1×純化
2)末端修復(fù)加A
向純化產(chǎn)物中加入End Prep Mix 4和ddH2O,吹吸混勻并瞬時(shí)離心,按照下述程序在PCR儀上進(jìn)行反應(yīng)
溫度 | 時(shí)間 |
20℃ | 15min |
65℃ | 15min |
4℃ | 勿長(zhǎng)時(shí)間放置,以免對(duì)PCR儀產(chǎn)生不必要的損壞 |
2.2接頭連接和純化
1)向上述末修產(chǎn)物中加入Rapid ligation Buffer 2、Rapid DNA ligase、IDT Adapter X,吹吸混勻后20℃孵育15min(若使用PCR儀則不加熱蓋)
2)使用Vazyme DNA Beads對(duì)接頭連接產(chǎn)物進(jìn)行0.8X純化
2.3文庫(kù)質(zhì)檢
1)質(zhì)檢方法:文庫(kù)通過(guò) Qsep-400進(jìn)行片段質(zhì)檢, 使用Qubit 3 .0進(jìn)行文庫(kù)濃度的定量,使用TIANSeq?DNA?Quanti?Kit?1S?(Illumina)進(jìn)行QPCR定量
2)質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn):濃度≥1ng/ul,QPCR定量合格
2.4引物接頭序列
adpter3=”AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC”;
adpter5=”AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT”;
2.5建庫(kù)試劑耗材
1)文庫(kù)構(gòu)建試劑盒:VAHTSTM Universal DNA Library Prep Kit for illumina 貨號(hào)ND607
2)產(chǎn)物純化磁珠:VAHTSTM DNA Clean Beads, 貨號(hào)N411-03
3)質(zhì)檢使用試劑:Qsep400 標(biāo)準(zhǔn)DNA 卡夾
4)定量使用試劑:Qubit TM dsDNA HS Assay Ki
5)1.5ml離心管、0.2ml PCR管、10ul,200ul槍頭:Axygen
2.6建庫(kù)設(shè)備
設(shè)備 | 廠家 |
PCR儀 | 艾本德 |
金屬浴 | 天根 |
掌上離心機(jī) | 天根生化 |
漩渦震蕩器 | SCIENTIFICINDUSTRIES.INC |
移液槍 | RAININ 瑞寧 |
磁力架 | Life |
相機(jī) | 索尼 |
冰箱 | 海爾 |
四維旋轉(zhuǎn)儀 | 海門市其林貝爾儀器制造有限公司 |
質(zhì)檢使用儀器 | Bioptic-Qsep400 |
定量使用儀器 | 賽默飛Qubit 3.0 |
QPCR儀 | LightCycler??480?II?實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀 |
3、測(cè)序方法
測(cè)序設(shè)備:NovaSeq X plus
測(cè)序策略:PE150