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1、檢測(cè)方法

1.1檢測(cè)方法

使用 Qubit(廠家YEASEN, 型號(hào)CAT 12642-A ,試劑1XdsDNA HS Assay kit for Qubit )檢測(cè)核酸濃度,使用1%的瓊脂糖電泳檢測(cè)完整性

1.2判定標(biāo)準(zhǔn)

濃度≥1ng/ul

總量大于等于 30ng

目的條帶清晰可見(jiàn),且片段小于500bp

PCR產(chǎn)物狀態(tài)正常

2、建庫(kù)方法

2.1PCR產(chǎn)物純化和末修

1)PCR產(chǎn)物純化

使用Vazyme DNA Beads對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行1×純化

2)末端修復(fù)加A

向純化產(chǎn)物中加入End Prep Mix 4和ddH2O,吹吸混勻并瞬時(shí)離心,按照下述程序在PCR儀上進(jìn)行反應(yīng)

溫度 時(shí)間
20℃ 15min
65℃ 15min
4℃ 勿長(zhǎng)時(shí)間放置,以免對(duì)PCR儀產(chǎn)生不必要的損壞

2.2接頭連接和純化

1)向上述末修產(chǎn)物中加入Rapid ligation Buffer 2、Rapid DNA ligase、IDT Adapter X,吹吸混勻后20℃孵育15min(若使用PCR儀則不加熱蓋)

2)使用Vazyme DNA Beads對(duì)接頭連接產(chǎn)物進(jìn)行0.8X純化

2.3文庫(kù)質(zhì)檢

1)質(zhì)檢方法:文庫(kù)通過(guò) Qsep-400進(jìn)行片段質(zhì)檢, 使用Qubit 3 .0進(jìn)行文庫(kù)濃度的定量,使用TIANSeq?DNA?Quanti?Kit?1S?(Illumina)進(jìn)行QPCR定量

2)質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn):濃度≥1ng/ul,QPCR定量合格

2.4引物接頭序列

adpter3=”AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC”;

adpter5=”AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT”;

2.5建庫(kù)試劑耗材

1)文庫(kù)構(gòu)建試劑盒:VAHTSTM Universal DNA Library Prep Kit for illumina 貨號(hào)ND607

2)產(chǎn)物純化磁珠:VAHTSTM DNA Clean Beads, 貨號(hào)N411-03

3)質(zhì)檢使用試劑:Qsep400 標(biāo)準(zhǔn)DNA 卡夾

4)定量使用試劑:Qubit TM dsDNA HS Assay Ki

5)1.5ml離心管、0.2ml PCR管、10ul,200ul槍頭:Axygen

2.6建庫(kù)設(shè)備

設(shè)備 廠家
PCR儀 艾本德
金屬浴 天根
掌上離心機(jī) 天根生化
漩渦震蕩器 SCIENTIFICINDUSTRIES.INC
移液槍 RAININ 瑞寧
磁力架 Life
相機(jī) 索尼
冰箱 海爾
四維旋轉(zhuǎn)儀 海門市其林貝爾儀器制造有限公司
質(zhì)檢使用儀器 Bioptic-Qsep400
定量使用儀器 賽默飛Qubit 3.0
QPCR儀 LightCycler??480?II?實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀

3、測(cè)序方法

測(cè)序設(shè)備:NovaSeq X plus

測(cè)序策略:PE150

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