抽取自一個轉(zhuǎn)錄本的片段數(shù)目與測序數(shù)據(jù)（或Mapped Data）量、轉(zhuǎn)錄本長度、轉(zhuǎn)錄本表達水平都有關，為了讓片段數(shù)目能真實地反映轉(zhuǎn)錄本表達水平，需要對樣品中的Mapped Reads的數(shù)目和轉(zhuǎn)錄本長度進行歸一化。Cuffdiff采用FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped）作為衡量轉(zhuǎn)錄本或基因表達水平的指標。