- 保證選取的樣本具有足夠的代表性；
- 樣本中不能有明顯的亞群分化（例如生殖隔離等），因?yàn)槊黠@分化的群體會(huì)使得遺傳背景的噪音較大；
- 建議選擇幾個(gè)比較重要且遺傳力較高的表型性狀作為研究的重點(diǎn)；
- 質(zhì)量性狀盡量為0、1二值性狀，并且兩類性狀的樣本數(shù)應(yīng)當(dāng)盡量相近；
- 數(shù)量性狀盡量√準(zhǔn)量化記錄（如抗病性可以量化為發(fā)病率、死亡率、存活率、病斑數(shù)、病斑面積等，而不是簡(jiǎn)單的多級(jí)衡量），并使表型總體呈近似正態(tài)分布；
- 栽培植物可以進(jìn)行多年多點(diǎn)多重復(fù)記錄，多年多點(diǎn)的觀測(cè)結(jié)果可以分別進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，多重復(fù)可以取平均值進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析；
- 表型變異豐富、性狀有明顯的主效位點(diǎn)控制時(shí)樣本量可以適當(dāng)減小，推薦200個(gè)以上；表型差異較小，多基因控制時(shí)樣本量應(yīng)當(dāng)增大，推薦500個(gè)以上。
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