1、從基因水平來開展對某（些）物種的研究是最直接、最有效、最易操作的途徑，而通過轉錄組測序是獲得基因的最為成熟的手段；
2、對于不同物種，尤其是無參考基因組或參考基因組不完善的同一科屬內不同種的進化地位的確定，可通過直系同源基因來實現(xiàn)；
3、對于基因組很復雜，或者同一科屬內物種差別大，無法通過重測序進行分析；
4、無需構建群體，研究對象為單獨的物種。