基因組de novo測序也叫基因組從頭測序，主要針對未知物種的基因組序列以及需要更新的基因組，通過構建基因組DNA文庫，并進行測序。然后通過生物信息學的方法對測序所得到的數據進行拼接、組裝和注釋，從而獲得該物種完整的基因組序列圖譜。