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抽取自一個(gè)轉(zhuǎn)錄本的片段數(shù)目與測序數(shù)據(jù)(或Mapped Data)量、轉(zhuǎn)錄本長度、轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平都有關(guān),為了讓片段數(shù)目能真實(shí)地反映轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平,需要對(duì)樣品中的Mapped Reads的數(shù)目和轉(zhuǎn)錄本長度進(jìn)行歸一化。Cuffdiff采用FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped)作為衡量轉(zhuǎn)錄本或基因表達(dá)水平的指標(biāo)。

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